胰蛋白酶 (Trypsin) 是丝氨酸蛋白酶，可特异性地切开赖氨酸和精氨酸残基的羧基端。胰蛋白酶这种严格的特异性是蛋白质鉴定的基础。天然胰蛋白酶易于自我水解，产生假胰蛋白酶，后者特异性较广，含有胰凝乳蛋白酶样活性。存在于胰蛋白酶制剂中的这些自我水解产物能产生多余的肽片段，从而干扰质谱检测到的片段的数据分析。Trypsin Gold, Mass Spectrometry Grade ( 胰蛋白酶，质谱分析级 ) 能提供最大限度的灵敏度。猪胰蛋白酶中的赖氨酸残基已经过还原甲基化修饰，成为活性高且稳定的分子，抗拒自我水解的性能特别强。 纯化的胰蛋白酶的特异性又由于 TPCK 处理使胰凝乳蛋白酶失活而进一步提高。处理过的胰蛋白酶又经过亲和层析纯化，制成冻干粉，成为 Trypsin Gold, Mass Spectrometry Grade。胰蛋白酶常用于胶内消化。消化产物经纯化和浓缩，然后再进行质谱分析确定分子量。然后用肽段的质量搜索数据库，鉴定分离在胶中的蛋白质。产品耐受轻度变性条件 ( 如 0.1% SDS，1M 尿素或 10% 乙腈 )，并在 2M 盐酸胍中仍保留 50% 的活性。当酸性残基存在于易感键任一侧时，胰蛋白酶的活性会降低。如果脯氨酸存在于赖氨酸或精氨酸的羧基端，形成的肽键几乎完全抗胰蛋白酶切割。每批经过质检的 Trypsin Gold, Mass Spectrometry Grade 能够保障进行胶内消化和质谱分析。
